Pokazane na poniższych stronach struktury zostały utworzone w następujący sposób:
- Przeniesienie idei z umysłu na „papier” poprzez narysowanie schematu struktury 2D w niekomercyjnych wersjach edytora ChemSketch.
- Optymalizacja geometrii narysowanej struktury z wykorzystaniem modułu mechaniki molekularnej (MM) programu ChemSketch. Należy nadmienić, że używałem do optymalizacji struktur wersji programu ChemSketch opublikowanych do roku 2018 (to znaczy wersje z lat 2015, 2016 oraz 2017). Zdarzało się, że wersje opublikowane od roku 2019 zawieszały się na próbach optymalizacji MM, co czasem wiązało się z koniecznością resetowania komputera. Starsze wersje wykonywały polecenia optymalizacji bezproblemowo… i szybko.
- Zapisanie struktury w formacie MDL mol V2000 lub przeniesienie tak zoptymalizowanej struktury do 3D Viewera (moduł programu ChemSketch) i zapisanie na dysku zbioru współrzędnych w formacie programu MOPAC (nazwa.mop).
- Utworzenie pliku wejściowego do programu Orca z użyciem programu Avogadro (wersje wcześniejsze lub 1.99)
- Optymalizacja zapisanej struktury geometrii za pomocą programu MOPAC22 z użyciem metody PM7 lub programu Orca i metody PM3.
- Optymalizacja tak uzyskanej geometrii za pomocą programu Orca 4.2.1 (potem Orca 5.0.4) na poziomie DFT w potencjale B3LYP i dla funkcji bazy def2-SVP (lub rev/PBE/def2-TZVP, rzadko innych kombinacji potencjału i bazy funkcyjnej). W części przypadków prowadziłem optymalizację na poziomie HF w bazach 6-31G lub 6-31G(d). Dla każdej zamieszczonej struktury podawałem informację o zastosowanym poziomie, potencjale i bazie obliczeń.
- Sprawdzenie poprawności optymalizacji za pomocą obliczenia znaku wartości własnych hessianu (komenda w programie Orca freq lub numfreq). W wypadku uzyskania wszystkich wartości dodatnich, uznawałem, że struktura może zostać opublikowana na niniejszych stronach (zdarza się, że opublikowałem struktury noszące częstości ujemne, wyjaśniałem wtedy dlaczego to zrobiłem).
- Dla cząsteczek o liczbie atomów przekraczających 100 obliczenia częstości dokonywałem na poziomie półempirycznej metody PM7 lub PM3. Wynikało to z braku dostatecznie szybkiego komputera.
W przypadkach dużych cząsteczek poprzestawałem na obliczeniu optymalnej geometrii, ale z pominięciem obliczania wartości hessianu. Tego typu niedostatek mam jednak nadzieję poprawić poprzez nawiązanie współpracy z osobami mającymi doświadczenie z używaniem superkomputerów (i widzącymi w mojej pracy jakiś sens). Przyznaję, że moje doświadczenie w tym względzie nie jest wystarczające, choć praca zdalna z centrami superkomputerowymi nie jest mi obca. Również poruszanie się w podstawach systemu UNIX i pochodnych mogę uznać za niemal wystarczające. Jednak zdalna praca konsolowa jest moim zdaniem anachroniczna. Powinny w polskich centrach superkomputeowych być dostępne wersje webowe silników obliczeniowych, jak ten WebMO.