Zadałem sobie pytanie przy okazji jakiejś pracy. Pytanie miało mniej więcej następującą postać – Skoro znana jest bicykliczna diamina trzeciorzędowa o systematycznej nazwie 1,4-diazabicyklo[2.2.2]oktan, – dalej – Znana jest nienasycona pochodna tego związku (1,4-diazabicyklo[2.2.2]okt-2-en) oraz pochodna z dwoma wiązaniami etylenowymi (1,4-diazabicyklo[2.2.2]okta-2,5-dien), to czy znana jest pochodna z trzema wiązaniami etylenowymi (1,4-diazabicyklo[2.2.2]okta2,5,7-trien)? Należy zaznaczyć, że w obu przykładach pozycje 1 i 4 są prochiralne.
Przegląd ogólnodostępnych internetowych baz danych dał wynik negatywny. Byłem raczej zdziwiony, gdyż nie jest to zbyt skomplikowany związek, ale skoro go nie ma (być może jest w Scifinderze, ale nie mam do niego dostępu – jeśli ktoś ma, to proszę o informację), to mogę przynajmniej policzyć jego optymalną geometrię. Wykonałem takie obliczenie na poziomie DFT (Orca 4.2.1/ B3LYP/ def2-SVP/ hess-plus):
Skoro taki związek jest zrelaksowany (hessian wykazuje wszystkie częstości dodatnie), to może związki o dłuższych łańcuchach nienasyconych będą również zrelaksowane? Na „pierwszy ogień” wziąłem 1,5-diazabicyklo[3.2.2]nona-2,3,6,8-tetraen (parametry obliczeń jak wyżej):
Okazało się, że przypadkowo wygenerowałem (podczas rysowania struktury w programie ChemSketch) jeden z enancjomerów, mianowicie enancjomer (2M). Obecność jednego łańcucha allenowego jest przyczyną wystąpienia zjawiska chiralności. Z ochotą utworzyłem kolejną pochodną, tym razem z dwoma łańcuchami allenowymi (parametry obliczeń jak wyżej):
Ponownie okazało się, że utworzyłem enancjomer, tym razem formę (2M,6M). Z jakiegoś powodu tworzę enancjomery typu minus (o konfiguracji lewej). Może dlatego, że jestem z natury leworęczny? Nie wiem 🙂